Dengan mengacu pada mission statements di atas, maka STAI Hasan Jufri Bawean menetapkan tujuan-tujuan pengembangan berikut ini:

  1. Menghasilkansarjana yang mempunyai kecerdasanspiritual, kekuatan emosional, integritas intelektual yang bertanggung jawab dan memiliki keahlian kewirausahaan.
  2. Menghasilkan lembaga yang mampu melaksanakan program-program penelitian dalam bidang ilmu-ilmu keislaman.
  3. Menghasilkan kepribadian civitas akademika yang peduli dan mampu memberikan solusi terhadap masalah-masalah yang berkembang di masyarakat.
  4. Menghasilkan mahasiswa yang terampil melalui proses belajar mengajar yang dinamis, aktual, terbuka, dan mampu melakukan penelitian yang objektif